同型半胱氨酸增高主要是由于甲硫氨酸代谢障碍所致，其原因可能有叶酸或维生素B12缺乏、遗传性因素等

1、叶酸或维生素B12缺乏：当叶酸或维生素B12缺乏时，N-5-CH3-FH4（N5甲基四氢叶酸）上的甲基不能转移给同型半胱氨酸，导致甲硫氨酸合成障碍，同型半胱氨酸堆积，同时也影响四氢叶酸的再生，影响细胞分裂，因此可导致巨幼细胞性贫血，此外，同型半胱氨酸在血中浓度升高也可能是动脉粥样样硬化和冠状动脉性心脏病的独立危险因素。

2、遗传性因素：高同型半胱氨酸血症也可能与遗传性有关，遗传基因导致机体一个或多个促进同型半胱氨酸代谢的酶缺乏，间接导致同型半胱氨酸水平升高，例如N5-甲基四氢叶酸转甲基酶（甲硫氨酸合成酶）缺乏。

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